A microbiota intestinal é a complexa comunidade de microrganismos (bactérias, fungos, vírus e etc.), que habitam o intestino.

Sabemos que cada pessoa tem uma composição única de bactérias no intestino que se desenvolve de acordo com os hábitos de vida, uso de medicamentos e até a localização geográfica, porém o exame atual já está relacionando à identificação de perfis bacterianos com diversas doenças, tais como: diarreia associada a antibioterapia, doença inflamatória intestinal, síndrome do intestino irritável, cancro colorretal, obesidade e síndrome metabólico, doença gordura no fígado não alcoólico, doenças respiratórias, entre outras.

Este é um exame molecular que identifica as bactérias presentes na microbiota do intestino grosso utilizando a metodologia de sequenciamento de DNA de alto desempenho a partir de uma pequena amostra de fezes.